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Les scripts php lancés en CLI ne gèrent pas la variable $_SESSION.
Dans le fichier core/class/class_alert_engine.php chargé depuis le fichier modules/notifications/batch/load_stack_letterbox_alerts.php

l.65 $calendarType = $_SESSION['features']['type_calendar']; est donc nul et la fonction ne retourne rien.
Autre adhérence:
l.88 require_once 'core/class/class_db_pdo.php';
$db = new Database();
$stmt = $db->query("select * from parameters where id like 'alert_stop%'");
La classe Database charge les paramètres de connexion à la BdD depuis les variables de session. Cela provoque donc une erreur fatale quand le script est lancé en console.